Estudió Cinematografía en el Centro Universitario de Estudios Cinematográficos de la Universidad Nacional Autónoma de México y Enseñanza Artística en el Instituto Nacional de Bellas Artes. Su obra ha sido exhibida en más de ochenta exposiciones individuales en museos y galerías de Latinoamérica, Estados Unidos, Europa, Asia, África y Oceanía, y forma parte de colecciones como las del Museo Universitario Arte Contemporáneo (MUAC), el Museo de Arte Precolombino e Indígena de Montevideo, el Banco de México, el Museo Anahuacalli, el INAH y el INBA, la Colección Poniatowski, así como de otros acervos particulares de América y Europa. En 2018 recibió la Medalla al Mérito Fotográfico otorgada por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, y en 2021 fue homenajeado con un reconocimiento a su trayectoria por parte del Festival Internacional de la Imagen.
La fotografía de Javier Hinojosa estudia con detenimiento las posibilidades de contemplar el paisaje e invita a reflexionar sobre nuestra relación con la naturaleza y diversos espacios históricos.